عالم بزرگ عرصه علم و عمل، رادمرد میدان فهم و خرد و مجاهد سالهای مشروطیت که تمام عمر خویش را در راه جد و جهاد در راه علم و معرفت صرف نمود و از پربارترین و درخشنده ترین سالهای حیات خویش خرمنی از معنویت و معرفت را برای سالکان طریق خرد و نور برجای گذاشت.

مرحوم آیت‌الله العظمی میرزای نائینی چه در سالهای آغازین علم آموزی در نائین و چه در دوران حضور در عراق و نیز در بازگشت به میهن تمام هم و غم خویش را در طریق کسب فیوضات علمی و بهره گیری از انبان پرزاد معرفت و تجربه معنویش برای کمک به حل معضلات جامعه اسلامی بهره برد و شاید بتوان گفت خطیرترین و حساس ترین این دورانها را در سالهای نهضت مشروطه تجربه کرد و فارغ از آنچه رخ داد باید گفت این عالم دینی و مرجع آئینی در این طریق که بس ناهموار و سنگلاخ بود از هیچ کوشش صادقانه و دلسوزانه ای فروگذار ننمود.

از جمله اساتید ایشان می توان به بزرگانی همچون

۱. ابوالمعالی فرزند حاج محمد ابراهیم کلباسی

۲. شیخ محمد باقر ایوانکی فرزند شیخ محمد تقی اصفهانی

۳. جهانگیر خان قشقایی

۱. سید محمد طباطبایی فشارکی

۲. سید اسماعیل صدر

 و البته میرزا محمد حسن شیرازی اشاره نمود.

از جمله شاگردان بزرگواری که در محضر این رادمرد عرصه علم و عمل کسب فیض کرده و پرورش یافتند می توان به

۱. شیخ محمد علی کاظمی خراسانی

۲. سید محسن طباطبایی حکیم

۳. سید جمال الدین گلپایگانی

۴. سید محمود حسینی شاهرودی

۵. سید محمد حجت کوه کمری

۶. سید محمد هادی میلانی

۷. شیخ محمدتقی آملی

۸. سید ابوالقاسم خویی

۹. سید محمد حسین طباطبایی 

و دیگر اجله فخر و حکمت و علم و عرفان اشاره نمود.

در کلام بسیاری از بزرگان نیز می توان ردی از عظمت و وجهی از شوکت و متانت و بزرگی و بزرگواری این عالم برجسته دینی را به تماشا نشست.

شیخ میرزا محمدحسین از بزرگترین مراجع اهل نظر در قرن اخیر بوده، شخصیت علمی او را همه فضلا و علماء تصدیق می‌نمایند، در مقام علمی و دقت نظر این مرد بزرگ همین بس که امروز- جز چند نفری – تمام مراجع بزرگ شیعه و فضلاء کشور از افاضات علمی و رشحات فکری آن مرحوم استفاده کرده‌اند و به شاگردیش افتخار می‌نمایند.

با استدلال و شمرده سخن می‌گفت، در درس و بحث و حرکات آرام بود، گونه کشیده و بینی و پیشانی بلند و برآمده و موی تنکش، فلاسفه یونان- سقراط و افلاطون- را می‌نمود، علمائی که از دوره سامره با آن مرحوم نزدیک وبه دقت نظرش آشنا بودند- از جمله مرحوم پدرم مراجعین را به تقلید از آن مرحوم ارجاع می‌نمودند. در اواخر زندگی حس شنوائیش بسیار ضعیف شده بود، ولی اشتغال علمیش تعطیل نمی شد، در سن نزدیک نود سالگی در سال 1355 هجری وفات یافت. (مرحوم آیت الله طالقانی).

“از اعاظم محققین و از فحول علما و فقهای عصر حاضر به سال 1277 در نائین اصفهان ولادت یافت و... و نیز آن مرحوم مجتهدی قانع و از مال پرستی و نامجوئی دور و سخت بیزار بود و بسیار ساده زندگی می‌کرد و هر گاه به نماز می‌ایستاد لرزه و رعشه بر اندامش می‌افتاد و اشک از دیدگانش جاری می‌شد(اعلام الشیعه)

شیخ محمد حسین میرزای نائینی در دوران زندگی تلاش‌های آزادیخواهانه بسیار کرد. با یاری آخوند ملاکاظم مددهای فراوان به مشروطه خواهی نمودند و خلع محمد علیشاه را خواستار شدند“ میرزای نائینی علاوه بر رشته تخصص خود، در حکمت عملی دست دارد، با مدونات سیاسی زمان خویش آشناست، و نسبت به مسائل دوره اول حکومت مشروطه آگاه است.... نسبت به تعرض مغرب به کشورهای اسلامی حساس است و هشیاری ملی‌اش خیره کننده... در انتقاد سیاسی این راه هم بگوئیم که مردی وارسته و بزرگوار بود. “ (ایدئولوژی نهضت مشروطیت- دکتر فریدون آدمیت).

“....میرزا محمد حسن نائینی... همکاری همه جانبه‌ای در مبارزات مشروطه خواهی با آخوند خراسانی داشت. حتی به شهادت آنهائیکه با نائینی سروکار داشته‌اند اظهار می‌دارند که تلگراف‌ها و اعلامیه‌های رهبران روحانی مشروطه خواه نجف را ایشان انشاء می‌کردند( عبدالهادی حائری در مجله راهنمای کتاب)

میرزای نائینی تا پایان عمر سرسختانه ضد استبداد و ستمگری مبارزه می‌کرد. “عالم بزرگ و راستین مذهب ما میرزای نائینی دقیقاً نشان داده است که اسلام مخالف سرسخت حکومت استبدادی، بی‌عدالتی اجتماعی و استثمار اقتصادی است و از حریت و مساوات مالی و معاشی و آزادی بحث و گفتگو و آزادی نشر و تبلیغ عقیده به گونه‌ای پی‌گیر پشتیبانی می‌کند. عالم روشن بین و عدالتخواه شیعه با صداقت از هر گونه مداخله عناصر خارجی و نفوذ اجنبی در سیاست و اقتصاد و ارتش مملکت نکوهش می‌نماید و می‌توان گفت که با تجدید حیات حکومت به طرزی اسلامی کاملاً موافق است و به تجدد به مفهوم حکومتی آن نظر منفی و نامساعد دارد....“ (از کتاب ماهیت حکومت اسلامی از دیدگاه آیت‌الله نائینی تالیف حمیدرضا مستعان)

از جمله آثار این عالم برجسته شیعی می توان 

۱. تعلیقه بر عروة الوثقی

۲. لباس مشکوک

۳. التعبدی و التوصلی

۴. وسیلةالنجاة

5. تقریرات اصول، که برخی از شاگردان او درسهای علم اصول وی را به رشته تحریر درآوردند و در حال حاضر دو کتاب «فوائد الاصول» اثر شیخ محمد علی کاظمی و «اجواد التقریرات» اثر سید ابوالقاسم خویی در دسترس فضلا و دانش پژوهان حوزه‌های علمی است.

6. تنبیه الامة و تنزیه الملة

و نیز دیگر گنجینه های معرفت و حکمت و فقه و اصول را یادآور شد.

از جمله ویژگی های مرحوم میزرای نائینی می توان خلوص ناب، گریه و تضرع در درگاه الهی و اشک و آه حیرت آورش در هنگام راز و نیاز با خدا، نواوری های علمی و شیوه های بدیع تدریس و تربیت شاگردان و نیز شرط گذاری شب زنده داری برای حضور در کلاس درس را یادآور شد.

مرحوم نائینی در 26جمادی الاولی سال ۱۳۵۵ ق. به دیدار یار و دیار باقی شتافت.

پیکر مطهر او در نجف اشرف با شکوه بسیار تشییع  و پس از اقامه نماز توسط آیة الله سید ابوالحسن اصفهانی، در جوار بارگاه منور امیرالمومنین(ع) به خاک سپرده شد.