به گزارش خبرگزاری حوزه در صفحه مجازی بنیاد تاریخ‌پژوهی و دانشنامه انقلاب اسلامی آمده است:

شخصیت علمی آیت الله شهید سید مصطفی خمینی ره

مجتهد شهید؛ الگوی حوزه انقلابی

ایشان تمام «المنجد» را از حفظ بود و به خصوصیات لغات واقف بود و در قدرت حافظه، دانستن فتاوی علما، ید طولایی داشت. در قدرت حافظه او همین بس که از تمام فروع کتاب «عروة الوثقی» مرحوم آیت‌الله حاج سید محمد کاظم(ره)، که یکی از کتب بسیار نفیس فقهی است، اطلاع کافی داشت. و اما در مورد استعداد ایشان، همین قدر بگویم که ما با ایشان و یکی از رفقای دیگر به نام استاد محمد فاضل لنکرانی، سالها هم بحث بودیم و من در آن بحث دریافتم که ایشان در سن ۲۵ سالگی مجتهد شده است. یادم نمی‌رود که در آن سال‌ها، امام (ره) تابستان را به تهران، امامزاده قاسم تشریف می آوردند. من روزی به حضرت امام (ره) گفتم، که حاج آقا مصطفی (ره) مجتهد است، آیا حضرت عالی بر این معنا صحه می‌گذارید؟ امام (ره) به سئوال من جواب صریحی ندادند، چون نمی خواستند نسبت به فرزند خودشان اظهار نظری بفرمایند، ولی من به واسطه شادمانی که در چهره ایشان مشاهده کردم، دریافتم که ایشان نیز معتقدند که مرحوم حاج سید مصطفی(ره) در آن سن مجتهد است و این را همه فضلا می دانستند.

یادها و یادمان ها،مصاحبه با مرحوم شهاب الدین اشراقی، ص ۶۶