به گزارش خبرگزاری حوزه، شهید مصطفی خمینی، علاوه بر دانش دینی، به آموزش‌های نظامی نیز اهمیت ویژه‌ای می‌داد و در خاطره ای از ایشان نقل شده است:

شهید سید مصطفی خمینی، به آموزش های نظامی توجه ویژه داشت و خودش در لبنان دوره های نظامی را دیده بود؛ حتی در دوره ویژه هدایت تانک شرکت کرده بود و با آموزش نظامی تعدادی از طلاب، محافظت از بیت امام خمینی در نجف را بر عهده داشت و سایر شاگردان امام را توصیه به آموزش دوره های نظامی می کرد.

ایشان در منزل اسلحه هایی را تهیه کرده بود و به کسانی که مراحل ابتدایی آموزش های نظامی را بلد نبودند، آموزش می‌داد و توصیه می کرد مراحل پیشرفته را در پایگاه های سازمان فتح در سویه و لبنان یاد بگیرند.

خود حاج آقا مصطفی یک بار فرمودند: «وظیفه‌ی روحانیت همان وظیفه‌ی انبیاست. چنان که وظیفه‌ی انبیاء در مقابل ظلم و ستم و بیدادگری، قیام مسلحانه است، وظیفه روحانیت نیز چنین است. و این حقیقت از آیه‌ی شریفه‌ی «و اعدوا لهم ما استطعتُم مِن قُوَّةٍ وَ مِنْ رِباط الْخَیْلِ تُرَهِبُونَ بِهِ عَدُ وَاللهِ وَعَدُوَّکُم» روشن و آشکار است و می‌توان گفت که از معانی خاتمیت در اسلام، مبسوط الید بودن زعمای اسلام و مراجع تقلید است.»

کتاب نور چشم امام، صفحه ۹۲-۹۱٫